I contrasti con la Repubblica e le guerre Europee

1 - La Santa Inquisizione

Rimanendo ancora nel Cinquecento, a crear problemi e danni alla Città di San Remo non furono sufficienti la Peste e le invasioni Barbaresche, anche se la vittoria del 1543 sembrò far attenuare i brutti ricordi del periodo. 
Siamo in piena Controriforma e quindi l'attività del Tribunale Dell'Inquisizione tristemente noto come Santa Inquisizione, partito dalla Spagna con l'ancor più tristo personaggio rispondente al nome di Torquemada, stava mietendo vittime in tutta l'Europa Cattolica specie tra la popolazione femminile quando bastava un niente perché fossero tacciate di blasfemia, sacrilegio e stregoneria e quindi portate al rogo.

Anche gli uomini però, non così numerosi come per le donne, furono vittime. Un documento del 24 febbraio 1582 segnala la presenza di un cittadino inglese, certo Guglielmo Horn, « mandato in Italia... ad effetto di seminar zizzanie di heresia » e se ne ordina la carcerazione e la consegna in modo che «un istrumento così maligno e diabolico sia nella rete e pervenga in forze della Santa Inquisizione ».
San Remo non fece eccezione ed anche qui si perpetrarono efferati delitti, vuoi per vendette personali, vuoi per effettiva credulità popolare.

Il 20 ottobre 1584 venivano processati in San Remo, in seguito a denuncia anonima, certi Giovanni Rodi di Montalto ed Enrico Brizio di Badalucco, accusati di stregoneria ma solo il primo, definito mercante di incantesimi, eretico e bestemmiatore, fu portato dinanzi al tribunale, ovviamente torturato, ma non si conosce la sentenza definitiva e la sua sorte.
Nel 1588 si svolgeva a Triora il processo più spaventoso contro trenta presunte streghe: una morì dissanguata, una certa Franchetta Borelli si suicidò gettandosi dalla finestra del carcere, sei furono condannate a morte; per le altre però, malgrado fossero prosciolte, la vita poteva dirsi finita, dopo le torture e le sofferenze subìte.

Anche a San Remo erano state incarcerate, nel 1547, otto donne accusate di stregoneria e di eresia; ma il processo, svoltosi a Genova, le mandò assolte, perché risultavano vittime di calunnie anonime, di torture e del troppo zelo del prete Antonio Guigliero, che fu sospeso dall'ufficio e inviato in convento. Malgrado questo, anche se innocenti, sulle sei donne rimaste, dopo che due morirono per le torture, rimasero i pregiudizi che le allontanarono dalla vita normale, le tolsero dei diritti civili e  ridotta la propria reputazione tanto da essere costrette a lasciare la città, che aveva partecipato emotivamente alla vicenda.


Malgrado questo clima di oscurantismo religioso, non mancava l'occasione di divertirsi, forse proprio per scacciare i cattivi pensieri. Le cronache dell'epoca riportano che nel febbraio 1563, mentre ancora il pirata Ulugh-Alì imperversava sui mari, a San Remo si festeggiò un allegro Carnevale, formate da due brigate di giovani, capeggiate rispettivamente dall'abate del Piano Michelotto Premartini e dall'abate del Castello Michelangelo Palmari.

Ne fu testimone il Vicerè di Provenza in transito della Città, che fu accolto con gran festa, tanto che fece un lauto regalo in danaro ad uno dei due gruppi, e dopo un primo mugugno, fu deciso di usare la somma per un pranzo per entrambe le parti, proprio per evitate uno scontro tra le due. Da quella data in poi fu deciso di organizzare, in occasione di ogni carnevale, due distinti corsi in maschera che, riuniti, concludevano i festeggiamenti dell'intera città. Tale tradizione si mantenne in vita fino all'inizio del secolo scorso.

Malgrado tutti i problemi, sempre nel XVI secolo le attività commerciali a San Remo continuavano a progredire, con il commercio di agrumi e di palme, dei traffici marittimi in tutto il Mediterraneo e che erano la maggior fonte di ricchezza.

É di questi tempi che accadde l'evento ben noto del Capitano di San Remo Benedetto Bresca che a Roma, durante l'innalzamento dell'obelisco di Piazza San Pietro quando gridò "aiga ae corde " cioè acqua alle corde per evitare che le funi tese al massimo si spezzassero.
San Remo partecipò, spesso suo malgrado, ai grandi eventi bellici che sconquassarono il secolo, in un Poinente che faceva gola a molti potenti trovandosi in mezzo a conflitti non certo cercati.